ペルーはフェアトレードとオーガニックコーヒーの世界的リーダーであり、ウォッシュド・アラビカの供給には欠かせない。CQIは2003年、USAID（米国国際開発庁）の資金援助によるCoffee Corpsプログラムを通じてペルーでの活動を開始した。この最初のプロジェクトの後、2006年にCQIは多くの国際的な援助機関と協力し、 ACDI/VOCAとの別のUSAIDプロジェクトも開始した。
CQIは協同組合グループであるカフェ・ペルー（Central Café y Cacao）と提携し、Qコースを行うためのトレーニングセンターを建設し、以前はCQIのインカントリーパートナーとして活動していました。CQIはペルーで、生産、加工、バリスタ、カッピング、コンテスト、マーケティング、組合開発など、あらゆる面で幅広く活動してきた。初期の任務のほとんどは、カッピングの全国大会とトレーニングの支援に重点を置いていた。この分野は、協同組合組織と大規模な国際貿易業者との間に大きな違いがあり、やや細分化されている。また、中央政府の支援もない。
2013年、CQIはACDI/VOCAと地元のパートナーとともに、業界全体と政府を交えた3日間のワークショップを開催し、成果を上げた。ペルーへのドナーの資金提供のほとんどは、麻薬取引（コカイン）の撲滅と、コーヒーやカカオなど他の換金作物の植え替えによるものである。
地方政府のパートナー（PromperúとINACAL）とUNIDOの資金援助によるCQIについては、多くの新しい機会が保留されている。ペルーはQプログラムにも積極的で、現在66人のQグレーダーがいる。
